自年“废止旧医案”之后，虽然中医取得的短暂的胜利，令当时的政府下令撤销“废止中医案”，但当时国民政府仍由西医官僚主持，政府并不重视中医，甚至歧视中医，并为中医执业者设置重重阻碍，导致了中医人才的大量流失。尽管南京政府崇尚西医，但当时的西医从业人员并不多，难以承担起国民医疗的重担。
在社会各界振兴中医药的一片呼声之中，萧龙友、孔伯华、施今墨等京都名医，借请愿与抗争活动之滚滚大潮，应恢复与振兴中医之浩浩大势，联合创办了北平第一所国医学院－北平国医学院。
由于是私立学院，又得不到政府教育部门的认可，北京国医学院发展的尤为艰难，孔伯华为上海青帮大佬杜月笙五太太孟小冬看病，药到病除，因此得到一大笔赞助，将之投入到办学教育当中。为保证教学质量，又延请当时在北平的国医大儒为师资骨干。其开设的课程比较完善，而且突出中医特色。
七七事变以后，日伪政府企图接管北平国医学院，受到师生们的抵制，在其软硬兼施、威逼利诱之下，孔伯华不为所动，于年毅然停办学院，表现出高尚的民族气节。虽然北平国医学院只创办了15年，但其所培养的七百余位学员，后来大多数都成为了极负名望的医中圣手，如：马龙伯、宋祚民等，而且他们通过再传弟子的方式来继续培养中医人才。可以说北平国医学院的成立，为当时中医的流传和发展延续了血脉。
直至新中国成立后，孔伯华得到国家领导人毛主席及周恩来总理的肯定。于是，教委的同志把创办“北平国医学院”的办学资料取走，用于编写新中国的中医教学大纲，创办新中国的中医学院。
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